Ο Αγάθωνας Ιακωβίδης γεννήθηκε στον Ευαγγελισμό Λαγκαδά Θεσσαλονίκης, από γονείς Μικρασιάτες πρόσφυγες, το 1955. Τα πρώτα του μουσικά ακούσματα προέρχονται από..
τον κοινωνικό του περίγυρο και είναι έντονα διαποτισμένα από τις μελωδίες της Μικράς Ασίας.
Με τη μουσική αρχίζει να ασχολείται συστηματικά από το 1971. Αυτοδίδακτος, με μόνο οδηγό τα μουσικά του ακούσματα, μαθαίνει σχεδόν όλα τα έγχορδα που χρησιμοποιούνται στα ρεμπέτικα τραγούδια: κιθάρα, μπαγλαμά, ούτι, μπουζούκι, τζουρά, μαντόλα και μαντολίνο.
Το επαγγελματικό του ξεκίνημα γίνεται στις μπουάτ της Θεσσαλονίκης το 1973. Σύντομα αντιλαμβάνεται ότι ο μουσικός χώρος που τον ενδιαφέρει πραγματικά και ταιριάζει απόλυτα στη φωνή του είναι το ρεμπέτικο τραγούδι, στο οποίο και αφιερώνεται έκτοτε αποκλειστικά. Έχει στην κατοχή του μεγάλη συλλογή δίσκων γραμμοφώνου με σπάνιες εκτελέσεις ρεμπέτικων τραγουδιών, πολλές από τις οποίες έχει παρουσιάσει σε μουσικές εκπομπές στο ραδιόφωνο της Θεσσαλονίκης (Α103, 904).
Το 1977 ιδρύει το Ρεμπέτικο Συγκρότημα Θεσσαλονίκης με το οποίο ηχογραφεί δύο δίσκους, εμφανίζεται σε διάφορα μαγαζιά και πραγματοποιεί πολλές συναυλίες σε όλη την Ελλάδα.
Το 1981 κατεβαίνει στην Αθήνα, όπου και συνεργάζεται με μουσικούς όπως ο Κώστας Παπαδόπουλος, ο Γιώργος Κόρος, ο Βασίλης Σούκας, ο Λάζαρος Κουλαξίζης, ο Νίκος Φιλιππίδης, ο Νίκος Χατζόπουλος, κ.ά. Έχει εμφανιστεί σε πόλεις και χωριά σε όλη την Ελλάδα και έχει προσκληθεί για προσωπικές συναυλίες, σχεδόν σε όλη την Ευρώπη και στις Η.Π.Α. Από το 1987 ζει και εργάζεται στη Θεσσαλονίκη. Είναι παντρεμένος με την Εριφύλη Χοντολίδου, με την οποία έχουν έναν εικοσάχρονο γιο, τον Νίκο, ο οποίος συμμετέχει στις τηλεοπτικές εκπομπές της ΕΤ 3 για το ρεμπέτικο σε επιμέλεια Πάνου Σαββόπουλου.
Ο Αγάθωνας Ιακωβίδης είναι αφοσιωμένος στο ρεμπέτικο και δημοτικό τραγούδι. Τα υπηρετεί από το 1973, αρνούμενος πεισματικά να μετακινηθεί σε άλλα δημοφιλέστερα είδη. Σε όλες τις προσωπικές δισκογραφικές του δουλειές παρουσιάζει συστηματικά το ρεμπέτικο τραγούδι, ερμηνεύοντας τόσο παλιά και άγνωστα ρεμπέτικα (στηριζόμενος, κατά μεγάλο μέρος, στο αρχειακό του υλικό), όσο και γνωστά και πολυτραγουδισμένα.
1. Ρεμπέτικο Συγκρότημα Θεσσαλονίκης (1982) (αφιερωμένο στον Κώστα Σκαρβέλη) Pan-Vox
2. Ρεμπέτικο Συγκρότημα Θεσσαλονίκης Νο 2 (1983) (αφιερωμένο στον Στελλάκη Περπινιάδη) Pan Vox
3. Κάθε βραδάκι μια φωτιά (1985) Pan Vox
4. Με στόχο την καρδούλα σου: νέα ρεμπέτικα με τον Αγάθωνα και την Κατερίνα Ξηρού / Βασίλης Νούσιας (1989) D.P.I. ATHENEUM ΕΠΕ
5. Τα μπελεντέρια: σπάνια ρεμπέτικα σε νέα ηχογράφηση (1994) EROS
6. Του τεκέ και της ταβέρνας (1996) EROS
7. Αγάθωνας: την είδα απόψε λαϊκά / συμμετέχει η Γλυκερία (1998) EROS
8. Ρεμπέτικα ντουέτα: Γκολές-Αγάθωνας, 18 σπάνια ρεμπέτικα (1999) EROS
9. Κώστας Σκαρβέλης: από την Πόλη στον Πειραιά (2000) EROS
10. Τα ρεμπέτικα της εργατιάς: Αγάθωνας- Γκολές (2001) EROS
11. Δημώδη Άσματα (2002) EROS
