Ζητούσε την ακύρωση της από 20.5.2014 απόφασης του συμβουλίου του
ιδρύματος του ΑΠΘ με την οποία επελέγησαν ως υποψήφιοι για την εκλογή στο αξίωμα του Πρύτανη στο ΑΠΘ οι καθηγητές Σ. Λογοθέτης, Π. Μήτκας και Ι. Παπαδογιάννης, αλλά όχι ο ίδιος.
Η αυξημένη, 7μελής σύνθεσης του Γ' Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας, με την υπ΄ αριθμ. 4474/2104 απόφασή της έκανε κατά πλειοψηφία δεκτή την αίτηση του κ. Γιαννακουδάκη και ακύρωσε την από 31.7.2014 απόφαση του υπουργού Παιδείας, με την οποία διορίζεται πρύτανης στο ΑΠΘ ο κ. Μήτκας.
Σύμφωνα με το σκεπτικό του αντώτατο δικαστηρίου, «η από 20.5.2014 απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία έγινε η επιλογή των προς εκλογή υποψηφίων κατά παράλειψη του κ. Γιαννακουδάκη, χωρίς να προηγηθεί πρόσκληση στην σχετική συνεδρίαση του πρύτανη του ΑΠΘ είναι μη νόμιμη».
Παράλληλα, οι σύμβουλοι Επικρατείας ανέπεμψαν την υπόθεση στο ΑΠΘ για να επαναληφθεί νόμιμα η διαδικασία, αναφέροντας: "προκειμένου το Συμβούλιο του Ιδρύματος (ΑΠΘ) να επαναλάβει την συνεδρίαση του για κρίση των υποψηφίων προς εκλογή, αφού προηγουμένως καλέσει τον κατά το χρόνο της ακυρωθείσης αποφάσεώς του (20.5.2014) πρύτανη του ΑΠΘ, αναπληρούμενο από τον νόμιμο κατά τον ανωτέρω χρόνο αναπληρωτή του ο οποίος δεν κωλύεται".
