Υπάρχει απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου, η οποία μνημονεύεται στην εγκύκλιο του Υπουργείου Εργασίας, σύμφωνα με την οποία το κράτος μέλος μπορεί να προβαίνει σε συμψηφισμό.
Όμως πρέπει να επισημανθεί, ότι η εν λόγω νομολογία, η οποία ερμηνεύει τον παλαιότερο Κανονισμό 1765/1992 της ΕΟΚ, αν και ασφαλώς μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως επιχείρημα για την ομοιόμορφη ερμηνεία του Κανονισμού, δεν μπορεί να εξομοιωθεί με τη νομοθεσία.
Παρόμοια ζητήματα είχαν προκύψει με τον συμψηφισμό των αγροτικών ενισχύσεων με οφειλές, για παράδειγμα στον ΕΛΓΑ ή σε Τράπεζες. Σε αυτήν την περίπτωση, παρακράτηση μέσω των τραπεζικών λογαριασμών των αγροτών μπορεί να γίνεται αποκλειστικά και μόνο με την έγγραφη συγκατάθεση του δικαιούχου.
Το ερώτημα είχε τεθεί στον τέως Επίτροπο Γεωργίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης κ. Τσιόλος, ο οποίος απάντησε ότι κάθε απόφαση συμψηφισμού σε εθνικό επίπεδο πρέπει να ανταποκρίνεται στο γράμμα και στο πνεύμα των κοινοτικών διατάξεων, διότι οι ενισχύσεις είναι για τους γεωργούς και όχι για οποιονδήποτε δημόσιο φορέα, είτε συλλέγει φόρους είτε συλλέγει οποιοδήποτε άλλο χρέος των αγροτών. Επεσήμανε δε ότι, κανονικά, τέτοιες αποφάσεις συμψηφισμού πρέπει να κοινοποιούνται εκ των προτέρων στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Για το λόγο αυτό 21 Βουλευτές της Νέας Δημοκρατίας, έπειτα από τις σχετικές πιέσεις του Θεσσαλονικιού Σάββα Αναστασιάδη, κατέθεσαν σχετική τροπολογία, ώστε για κανένα λόγο να μην παρακρατούνται οι κοινοτικές ενισχύσεις και να φθάνουν στα χέρια των Αγροτών
