η καταστροφή του μητρικού σκάφους μόλις εισήλθε στην ατμόσφαιρα και η κάψουλα που συνέχισε το ταξίδι της μέχρι το έδαφος της Αυστραλίας, όπου περισυνελλέγει από Ιάπωνες τεχνικούς. Κατόπιν θα ταξιδέψει στην Ιαπωνία όπου θα ανοιχθεί και θα εξεταστεί το υλικό που συγκέντρωσε από τον αστεροειδή, ελπίζοντας να δώσει απαντήσεις για την δημιουργία του ηλιακού συστήματος αλλά και την σύνθεση και την προέλευση των αστεροειδών.
Το ταξίδι της ιαπωνικής αποστολής Hayabusa, ξεκίνησε στις 9 Μαΐου 2003 και αφού πέρασε κοντά από την Γη τον Μάϊο του 2005 για μια βαρυτική ώθηση, έφτασε στον αστεροειδή Itokawa έχοντας διανύσει 2 δισεκατομμύρα χιλιόμετρα. Αφού τον εξέτασε λεπτομερώς, ακούμπησε στην επιφάνεια του δυο φορές και μέσω ενός βλήματος που έριξε, συνέλεξε σκόνη και πετρώματα τα οποία αποθηκεύτηκαν στην ειδική κάψουλα.
Το Hayabusa ρίχνει την σκιά του στον αστεροειδή πάνω από το σημείο προσεδάφισης
Κατά την διάρκεια της αποστολής του αντιμετώπισε αρκετά προβλήματα, όπως διακοπή λειτουργίας ενός από τους τέσσερις κινητήρες, απώλεια επικοινωνίας και βλάβη στα γυροσκόπια. Έτσι ενώ ήταν προγραμματισμένη η επιστροφή της κάψουλας το 2007, επανασχεδιάστηκε η τροχιά του και τελειώνει την αποστολή του 3 χρόνια αργότερα.
Λόγω της βλάβης στους χημικούς κινητήρες, χρησιμοποιούνται οι τέσσερις κινητήρες ιόντων που διαθέτει, για να ολοκληρώσει την επιστροφή του.
Οι κινητήρες ιόντων, αν και δίνουν μόνο ένα κλάσμα της ώθησης των χημικών κινητήρων, μπορούν να λειτουργούν για περισσότερο χρόνο και στην αποστολή αυτή λειτούργησαν συνολικά για 40.000 ώρες. Οι Ιάπωνες τεχνικοί για να ξεπεράσουν τα εμπόδια λόγω των βλαβών, χρησιμοποίησαν ακόμη και την ώθηση της ηλιακής ακτινοβολίας για να καθορίσουν την τροχιά του.
Κατά την διάρκεια της καθόδου πρός τον αστεροειδή και λόγω της μεγάλης απόστασης από την Γη, το σκάφος λειτουργούσε αυτόνομα με δεδομένα από τον υψομετρητή λέιζερ και από την οπτική παρατήρηση μιας "σημαδούρας" που είχε αφεθεί στην επιφάνεια του Itokawa νωρίτερα. Μέρος της αποστολής ήταν και η προσεδάφιση στον αστεροειδή του Minerva, ενός μίνι ρόβερ διαστάσεων 10 εκατοστών, αλλά λόγω της βλάβης στο σύστημα διεύθυνσης, δεν βρήκε τον στόχο του και χάθηκε στο διάστημα.
Οι Ιάπωνες ευελπιστούν ότι παρά τα πολλά τεχνικά προβλήματα, θα έχει συγκεντρωθεί υλικό στην κάψουλα, το οποίο μετά την εξέτασή του θα δώσει απαντήσεις σε πολλά ερωτήματα όπως η σύνθεση του αστεροειδούς, η ηλικία του, από τι αρχικά σώματα προήλθε, εάν έχει ξένα υλικά στην επιφάνειά του, πόσο έχει αλλάξει η σύνθεση του λόγω της ηλιακής και κοσμικής ακτινοβολίας κλπ.
